Il Palazzo del principe appartiene alla stessa età della necropoli Nord.
Sorge sulla dorsale mediana che percorre longitudinalmente tutto l'altopiano di Pantalica. E' costruito trasversalmente rispetto alla dorsale stessa, in un punto ove essa è particolarmente stretta, (non più larga di una trentina di metri) e l'Anaktoron la sbarra quasi completamente con la sua lunghezza, affacciandosi col suo lato breve sul pendio meridionale. Il punto in cui sorge l'Anaktoron non è peraltro il più dominante della dorsale: il maggior rilievo che lo sovrasta da Occidente raggiunge la quota di m. 472, mentre la quota del palazzo è di circa m. 408 s.l.m.
Il vano meridionale (o vano A), è di grandiosa struttura megalitica, misurante all'esterno m. 11,60 di fronte, e all'interno m. 8,50 x 8, un vano, cioè, della superficie utile di almeno 68 mq. Qui Paolo Orsi trovò le testimonianze di una fonderia di bronzi, rappresentate da una zona carboniosa, da frammenti di strumenti di bronzo destinati ad essere rifusi e di forme per la fusione.
Sul lato lungo occidentale del palazzo, abbiamo la successione di tre vani perfettamente identici fra loro, tutti misuranti all'interno m. 5,50 x 5,80 e tutti e tre aprentisi all'esterno, con una porta sempre di dimensioni identiche (luce m. 1,40) al centro della parete. Il vano E e l'identico e contrapposto vano F, erano accessibili solo dall'esterno. L'edificio continuava ancora a NO di E e di F con altri due vani, G e H, pressoché identici ad essi. Questa parte del palazzo è la meno conservata e la più lacunosa. Vi potevano essere anche altri due vani I ed L anche se di essi rimangono solo lievi tracce.
Solo la parte meridionale del palazzo può essere considerata un alloggio in senso moderno della parola. E' cioè costituita da vari ambienti (A, C, D) tutti comunicanti attraverso il corridoio B e quindi di uso differenziato fra loro. I quattro vani costituenti il corpo quadrato settentrionale, non erano, invece, fra loro in comunicazione e si aprivano solo verso l'esterno. E' possibile che fossero quindi dei depositi o magazzini per la conservazione delle provviste.
La regolarità della pianta, la quasi assoluta identità di misure di diversi vani, l'uniformità della struttura muraria indicano che ci troviamo di fronte ad una struttura tutt'altro che primitiva, opera evidentemente di tecnici esperti. Sembra assai verosimile l'ipotesi, formulata da Paolo Orsi, che la costruzione sia dovuta ad artefici venuti dall'oriente miceneo, al soldo del principe locale.
Oggi l'Anaktoron ci appare inserito in un vasto complesso di sistemazioni monumentali di cui esso rappresenta senza dubbio l'elemento essenziale e che probabilmente sono subordinate ad esso. Infatti, a seguito degli scavi eseguiti da Luigi Bernabò Brea dal 1962 al 1971, sono venute alla luce grandiose strutture monumentali come i muraglioni sbarranti il pendio sottostante l'Anaktoton.